как правильно мотивировать менеджеров коммерческого отдела?

платить им.

смотря какая уних зарплата ( уних много откатов от фирм скем они заключают договора) система мотиваци велика читайте мотивация персонала !

Дать оклад и перевести на проценты,ввести контрольные показатели и т.д..

платить-то оно платить.. . вопрос как? Может за небольшую зарплату плюс процент от прибыли? Тогда возможно появится мотивация....

Деньгами и штрафами ну всё в меру!

Ставку повыше и бонусов побольше - за соблюдение плановой наценки, за нормы товарных запасов (если они сами заказы делают), за проданные доп. места, что там они у вас ещё делают?