1C Бухгалтерия

есть обработки по переносу документов

войти под отладчиком и сохранить базу, там сверху есть.
если там база не пустая, то естественно станет как эта.
обьеденить две базы практически невозможно, надо перезабивать.

вызовите програмера и все ваши вопросы он решит