Может ли быть чистой совесть, если ею не пользоваться?

Совесть - атавизм. Здравая логика и разумный эгоизм рулит. Тогда и о содеянном жалеть не придется.

конечно, она же не запачкается, потому как ей и не пользовались!

Пользоваться надо совестью, она может стать просто пыльной.

Есть целый ряд понятий, которые Либо есть, либо их Нет.
Товар с плохим качеством - качества не имеет.
Нельзя быть и чуть-чуть беременной.
И т. д.
Не пользующийся С. - бессовестный.

Совесть может быть прозрачной - и тогда её не видно

не пользоваться? а это как?!