Смело можете устанавливать новую версию агента. Главное не менять логин пароль. Вы же не собир. менять почтовый ящик. А агент берет те данные которые вы заполняли при создании почты.
Контакты хранятся не на компе, потому и останутся, т. е. в свой агент можно выходить не только с своего компа. Новая версия всегда есть на оф. сайте, т. е. тут
http://agent.mail.ru/ отсюда. контакты все сохранятся даже если ты хоть кучу раз переустановиш агент всё равно все контакты сохранятся. только советую сначала удали старый агент а потом уже загружай новый.