могут ли сотрудники гаи подписывать протокол как свидетели при задержании водителя в алк

нет, не могут.свидетели должны быть незаинтересованые.алкогольное опьянение подтверждается мед.освидетельствованием

Не могут, а лучше сразу съездить в независимую экспертизу.

нет! должны быть привлечены 2 гражданских лица

Могут, т.к. согласно КоАП России, свидетелем является лицо, которому известно что-либо по делу.
Вместе с тем, КоАП не ограничивает, кто может быть свидетелем, а кто - нет.