Тонус - это амплитуда сигналов спинного мозга в опорно-двигательный аппарат и сердечно сосудистую систему. Настроение - это эмоционально-психологическое состояние, обусловленное определённым возбуждением или торможением.
относительно состояния организма - это синонимы. А вообще понятия разные. Тонус - это больше к физическому состоянию, а настроение - это к психологическому.