Почему поезда в одну сторону идут дольше, чем в другую?

В том числе и пробки. Кроме шуток. Когда поезд подходит к Москве, ему нужно втиснуться между электричками. Такие окна бывают не в любой момент, а минут на 10-30 раньше или позже. Вот его и придерживают, чтобы подошел к нужному моменту.
Целиком сдвинуть не получится, потому что тогда он упрется в электричку где-нибудь в другом месте.

Еще одна пробка. На многих вокзалах всего 2-3 пути для дальних поездов. И если в график заложить прибытие сразу 4, то куда его ставить? Тоже причина для задержки - подождать, пока освободится путь на станции.

Добавлю, что подъемы и спуски бывают разной крутизны. Если подъем пологий, то скорость вверх и вниз почти не отличается. Если крутой - то разница во времени будет немаленькой. Даже если конечные станции расположены на одном уровне, количество и длина пологих и крутых подъемов во встречных направлениях обычно не совпадает.

Ну и еще.. . Иногда можно было бы ускорить поезд, но тогда он к вам домой будет прибывать в полпятого утра. Вам это понравится? Вряд ли.