mkv это не формат. это просто контейнер. Извлекается avi,mp3,acc и сабы из mkv через - MkvExtractGUI + mkvtoolnix. Этот тандем программ извлекает из Матрешки собственно видеопоток, аудиопотоки, субтитры в течение нескольких минут. После этого все это хозяйство собираешь в кучу (например, VirtualDub-ом в режиме прямопотокового копирования) . Если из Матрешки вышло 2 файла, значит один - видео, а другой - аудио (легко различаются по размерам, видео - гораздо больше) . В VirtualDubMod открываешь видеофайл. Дальше: меню Потоки --> пункт Список потоков --> кнопка Добавить --> добавляешь аудиофайл. Потом устанавливаешь в меню Видео режим Прямопотокового копирования, идешь в меню Файл и сохраняешь как.. .(название придумываешь сама) .
Или в качестве Видеоконвертера используешь WinAVI Video Converter. Однако, если длина видеоролика превышает 20 мин. WinAVI начинает вносить искажения в аудиодорожку. И придётся ставить ASF-AVI-RM-WMV Repair, чтобы снять эти искажения.
Или попробовать последние кодеки.. .
http://fileforum.betanews.com/detail/1094057842/3 , например...