Как правильно подготовить файл к печати в Illustrator?

Дам совет полиграфиста с 12 летним стажем. Вот куда собираешься нести файл на печать - позвони и там спроси. У всех свои тех. требования. А прозрачный фон никак не скажется на печати 100%. Сохрани в разных форматах - EPS, PDF, TIFF и свой иллюсовский сохрани и тащи всё туда. Там разберутся что им нужнее.

К ответу Ларисы Ивановны нечего добавить.

эмммм. . .
Если Вы в Иллюстраторе готовите файл для печати, ЗАЧЕМ Вы открываете его в Фотошопе? Можете ли Вы пояснить смысл этого ненужного действа?
В Иллюстраторе дизайн лежит на виртуальном листе белой бумаги, т. к. по умолчанию подразумевается, что он будет напечатан на белой бумаге. Поэтому открывая в ФШ вы видите прозрачность (если вы не подкладывали под дизайн белый прямоугольник) . Но открывать eps в ФШ не нужно.
Требования к файлу выясните в типографии.

Формат eps, красочность СМУК, все растровые компоненты дизайна должны быть с параметрами СМУК, 8 бит, 300 ppi (остальное разрешение под вашу ответственность) .
Касательно векторных элементов:
в дизайне не должно быть лишних точек, лишних плашечных цветов, лишних деталей, лишних масок;
total ink (максимум в тенях по СМУК) - в пределах 300%
все прозрачности, эффекты - схлопнуты
шрифты переведены в кривые
мелкие тексты и тонкие линии - не более чем в 1-2 краски; если черные - оверпринтом;
проценты красок менее 5% лучше "убить"
Вы также должны поставить метки реза или наложить на дизайн чертеж (крой, вырубку) на отдельном слое и обозначив его; дизайн должен заходить за метки реза на 3 мм со всех сторон во избежание дефектов при резке/высечке.
ну и так далее, согласно тех. требованиям типографии