Это отглагольное существительное, оно образовано от основы НАКАЗА- глагола НАКАЗАТЬ при помощи суффикса -НИЙ, последний звук которого "спрятался" в букву Е. Выполнить морфемный разбор данного слова следует так:
✔ наказ/а́/ни/е [й/э] – корень/суффикс/суффикс/окончание; основа слова – наказаний-.
Запись [й/э] показывает, что в букве Е содержатся 2 звука, первый из которых заканчивает основу, суффикс -НИЙ-, а второй является окончанием.
У существительных в форме единственного числа вообще двухбуквенное окончание бывает ТОЛЬКО в творительном падеже, а уж окончания именительного падежа должен знать наизусть даже каждый крайне слабый ученик, так как именно по этим окончаниям мы определяем тип склонения существительных.