Вы не сказали, в каком формате идёт видео и звук в ВАШЕМ mov
(ибо варианты могут быть самые разные)
Поэтому предлагаю УНИВЕРСАЛЬНЫЙ способ, который сработает при ЛЮБЫХ форматах аудио и видео.
1.
MediaInfo (4 Мб)
Смотрим параметры исходного файла, запоминаем исходный формат аудио
http://pixs.ru/showimage/01MediaInf_5082791_11730456.png
2.
Format Factory (50 Мб) или любой другой конвертер
Конвертируем звук ролика в WAV (чтобы нисколько не потерять в качестве)
http://pixs.ru/showimage/02FormatFa_9715640_11730458.png
3.
Audacity (20 Мб) или любой другой аудиоредактор
Обрабатываем звук, как душе угодно. Сохраняем в WAV.
http://pixs.ru/showimage/03Audacity_2758821_11730459.png
4.
Format Factory или любой другой конвертер
Конвертируем WAV в исходный формат с исходными параметрами
http://pixs.ru/showimage/04FormatFa_2446436_11730460.png
5.
MKVToolNix (20 Мб)
Соединяем исходное видео с новым звуком
http://pixs.ru/showimage/05MKVToolN_8647683_11730462.png
Получаем файл MKV с исходным видео, но измененным звуком.
Профит!
Подскажите программу =)