Примерно через 60 — 80 дней после откладки черепахой яиц можно рассчитывать на вылупление черепашек. Часто еще несколько дней после вскрытия яйца черепашки остаются в яйце; в это время виден слегка свернутый трубкой карапакс черепашек и рассасывание остатков желточного мешка. Лишь после этого они покидают яйцо. В первые дни им еще не требуется еда. В первые недели после рождения черепашек держат в таких же условиях, которые были рекомендованы в период карантина. Само собой разумеется, что с молодыми животными нужно обращаться особенно осторожно и вначале ни в коем случае не оставлять со взрослыми животными.
Скорость развития зародыша черепахи в яйце зависит от температуры окружающей среды. Чем выше температура, тем скорее появятся на свет маленькие черепашки. Например, у шпороносной черепахи (Geochelone sulcata) продолжительность инкубации - три-шесть месяцев при температуре около 28 °С. А у эластичной плоскопанцирной черепахи (Malacochersus tornieri) продолжительность инкубации - около полугода. В первые три недели инкубации поддерживают температуру около 25 °С. Постепенно ее повышают до 30 °С. Инкубационный период длится от 119 до 188 дней. Морские черепахи (Chelonioidea): Инкубационный период длится около двух месяцев и напрямую зависит от температуры песка, в который зарыта кладка. Так же от температуры зависит и будущий пол черепашек, самцы рождаются лишь в определённом температурном «поясе» , вне которого вылупляются самки (либо детёныши погибают вследствии слишком низкой или высокой температуры) . По истечению инкубационного периода, маленькие черепахи пробивают скорлупу специальным яйцевым зубом и выбираются на воздух сквозь толщу песка.
У североамериканской лесной черепахи (Clemmys insculpta) инкубация в естественных условиях продолжается 47-69 дней, что зависит от температуры и влажности.
У болотной черепахи (Emys orbicularis) инкубация при температуре 27-29°С продолжается 68-100 дней.
У черепахи среднеазиатской (Agrionemys horsfieldi) инкубация продолжается около 60 дней.