Почему слово считать пишется через и если проверочное слово счёт?

счет не проверочное слово.

это корни с чередованием и \е правило:

Написание Е или И в корнях -бер-/-бир-, -пер- /пир-, -дер/ -дир-, -тер/тир-,- -мер-/-мир-, -жег-/-жиг-, -стел-/-стил-, -блеет-/-блист-, -чет-/-чит- зависит от того, какая буква следует за корнем.
В данных корнях пишется буква И, если после корня следует суффикс -а-, во всех остальных случаях пишется с: уберу — убирать, запереть — запирать, удерёт — удирать, вытер — вытирать, замер — замирать, выжег —выжигать, расстелю — расстилать, недочёт — вычи­тать.
Исключения: сочетание, сочетать.