можно ли удалить в Common Files папку Microsoft Shared и папку System? я пытаюсь увеличить место на диске

нет.

без этих папок система не будет работать, это требуется обязательно для правильной работы

Говнище накапливается тут :
- во временных папках %temp%, %localappdata%\Temp. Очисти эти папки и очень сильно удивишься.
- точки восстановления съедают немало, удали все старые. Тоже удивишься.
- в папке со скачанными обновлениями ОС %windir%\SoftwareDistribution. Чистить лучше утилитами, например, Wise Care.
- плюс в Семерке последние обновы добавили возможность в утилите очистки диска удалять файлы обновлений. Очень много едят они.
- про засранный Рабочий стол говорить надоело.
- про установленные на системный раздел игры говорить надоело.
- папка Мои документы сжирает порой тоже немало.
- кэш браузера при просмотре онлайн-видео сожрет много.