Яндекс. Диск на сегодняшний день (23.11.2017) не защищен!!! И пароль вы не поставите, ни на папки, ни на файлы. Выше рекомендовали архивировать файлы WinRar (WinZIP) и ставить пароль, злоумышленник скачает "защищенный" файл с паролем WinRar и спокойно обойдет ваш пароль уже на своём компьютере.
Чтобы стырить ваши файлы и папки с Диска Яндекса, всё что нужно злоумышленнику - это подобрать пароль от вашего аккаунта Яндекса (вашей почты).
В Диске есть ссылка - История, но она не показывает, какие файлы были скачены!!! Только помещение файлов в корзину, загрузка файлов, замена файлов... НО КАКИЕ ФАЙЛЫ БЫЛИ ЗАГРУЖЕНЫ С Яндекс. Диска → на компьютер, инфы НЕТ !!!То есть злоумышленник может каждую ночь заходить в ваш аккаунт и скачивать ваши файлы. Вы об этом можете узнать в паспорте аккаунта → Безопасность аккаунта → История входов.
Если вы не настроили двухфакторную аутентификацию (заходить по одноразовым паролям), то лучше не рисковать и не хранить на Яндекс. Диске личные файлы. Либо каждую неделю меняйте пароль :-)