если речь о скомпилированном файле то она компилируется в машинные коды записаные без пробелов ( ну они сохраняются только в строковых литералах) если речь о интерпретируемых скриптах то там интерпретатор достаточно быстро их пропускает, да конечно это занимает какое то время но оно оченьмало.