Когда-то очень давно в русском языке существовало существительное ЗЕЛЬ (оно, кстати, и сейчас есть в диалектах). Это слово употреблялось в значении «зелень, трава, озимь». Вот от этого существительного и было образовано при помощи суффикса -ЕН- прилагательное ЗЕЛЕНЫЙ. Со временем слово стало звучать иначе – ЗЕЛЁНЫЙ, а с утратой производящего существительного ЗЕЛЬ в прилагательном произошло упрощение основы, поэтому в нём давно уже не выделяется суффикс, а корень ЗЕЛЕН-//ЗЕЛЁН- стал равен основе слова.
Историческими родственниками прилагательного ЗЕЛЁНЫЙ являются слова ЖЁЛТЫЙ, ЗЛАК, ЗОЛА, ЗОЛОТО, ЗЕЛЬЕ, которые тоже были образованы от той же основы, что и древнерусское слово ЗЕЛЬ.
.
