Можно ли перечислять зарплату сотруднику за вычетом ранее допущенной ошибки?

Нет, нельзя. Больничный Вы обязаны выплатить полностью. Вы должны были в течении месяца доказать счетную ошибку и истребовать излишнюю сумму с работника, месяц прошел, сумму уже вернуть не получится, любой суд откажет.
Трудовое законодательство содержит норму, согласно которой излишне выплаченная заработная плата может быть взыскана с сотрудника только в следующих случаях:
- при расчете заработной платы была допущена счетная ошибка;
- доказана вина сотрудника в невыполнении норм труда или в простое;
- излишняя выплата денег произошла в связи с неправомерными действиями самого работника (этот факт должен установить суд).
В остальных случаях излишне уплаченная зарплата возврату не подлежит.

Только при добровольном согласии бывшего работника, если переплата произошла не в связи со счетной ошибкой. Предъявите ему документ о том, что ему была излишне выплачена такая-то сумма в такой-то период по такой-то причине, с просьбой предоставить письменное согласие об удержании из его выходного пособия по временной нетрудоспособности указанной суммы. Указать также, что он имеет право не соглашаться с данным предложением (ст. 137 ТК РФ, ст. 1109 ГК РФ).