В какую папку нужно закинуть SKSE в игре скайрим 5? Скачал что бы моды работали и вот сей час думаю.

Не Скайрим 5, а TES V: Skyrim,
Все закидывать надо в data, если мы говорим о модах и системах для них, но SKSE вроде параллельно работает и создает альтернативный лаунчер.

У меня лежал в Skyrim/Data а там уже папка с SKSE

кидай в папку скайрим