Имеет ли предприятие ( организация ) по договору ГПХ проводить сотрудника который работает по трудовому договору .?

С Вами был изначально оформлен трудовой договор, а потом Вы узнали, что есть договор ГПХ, оформленный между данной организацией и Вами, но не подписанный с Вашей стороны? В этом случае считается действующим трудовой договор, а второй - просто бумага.
Или с Вами вообще не заключался никакой договор при приеме, а теперь выяснилось, что Ваши отношения с организацией гражданско-правовые? В таком случае вообще нет уверенности, что Вы оформлены хоть каким-то образом, если Вы ничего не подписывали. А если так, то и не работаете Вы там, и не видел Вас там никто и никогда. Какую еще зарплату Вы хотите?

Если Вы опишете ситуацию более подробней, то и ответ будет точнее.