Цвет воды может меняться в зависимости от ее чистоты и освещения.
И чем больше глубина воды, тем темнее будет ее цвет.
Как прозрачность, так и цвет воды меняются в течение года. Весной, в период обильного притока речных вод в Ладожское озеро, усиливается бурый оттенок воды. Речные воды, как более теплые, а следовательно, и более легкие, остаются на поверхности озера и поступают в Неву. На цвет, прозрачность и мутность воды очень влияют штормы на Ладоге, во время которых ветер перегоняет от устьев впадающих в озеро рек к истоку Невы интенсивно окрашенную воду, а главное, волнением поднимаются со дна Шлиссельбургской губы ил и песок. Несколько раз в году прозрачность воды падает до 15—18 см и цвет ее становится светло-коричневым. Известны даже случаи, когда вода в Неве приобретала коричневый цвет.