Вычитают. В Московской области с 01.09.2018:
Размер денежных эквивалентов по бесплатному проезду для получателей региональной социальной доплаты к пенсии составляет:
- в пассажирском транспорте общего пользования Московской области - 340,22 руб.;
- на железнодорожном транспорте пригородного сообщения - 257,62 руб.;
- в пассажирском транспорте общего пользования города Москвы, Московском метрополитене (для граждан старше 60 лет и детей, получающих пенсию по потере кормильца) - 258,31 руб.
https://krasnoarm.msr.mosreg.ru/article/vnimanie-poluchatelej-regionalnoj-sotsialnoj-doplaty-k-pensii-do-urovnya-9527-00-rublej-19164