Не удивляйтесь, но разница именно в УРОВНЕ на котором работают коммутаторы.
Коммутаторы 2-го уровня работают на 2-м уровне модели OSI
Коммутаторы 3-го уровня работают на 3-м уровне модели OSI
https://ru.wikipedia.org/wiki/Сетевая_модель_OSIА вот пропускная способность тут не при чём. Коммутатор 3-го уровня с 100МБ/с портами будет работать медленнее, чем коммутатор 2-го уровня с портами на 1Гбит/с.