Переписка может исчезнуть в следующих случаях:
1. пользователь удалил свой Мир
2. ваш собеседник заблокировал свой ящик через специальный интерфейс:
https://e.mail.ru/cgi-bin/delete (тоже удаляется Мир, но ещё и вместе со всей информацией из ящика, а сам ящик блокируется)
Во втором случае переписка всегда пропадает, а при удалении Мира может исчезнуть, а может и нет. По-разному бывает.
P.S. Ещё может быть, что кто-то получил доступ к вашему ящику и удалил её, но я думаю, что вы этот вариант исключаете?)