судья назначает пенальти, дается ли при этом желтая карточка?

На усмотрение судьи. Например, если мяч случайно попал в руку игрока обороняющейся команды. Фол есть, но на желтую карточку не тянет. А вот назначать пенальти, или нет - это на совести арбитра.