Нужно ли при приготовлении цукатов в процессе отстаивания накрывать их крышкой?

Нет конечно, весь смысл выстаивания между варками это испарение лишней жидкости из цукатов, а под крышкой жидкость останется, да еще в виде конденсата, что совсем не допустимо.
Можно накрыть марлей от пыли, но лучше вообще не накрывать.