Сжатие системного диска может как-то плохо повлиять на работу системы?

А такой встречный вопрос: -- а зачем его сжимать? Сжатие диска -- это незаметная для пользователя архивация данных алгоритмами сжатия перед записью на диск, и разархивация "на лету" при чтении. Таким образом сжатие диска несколько замедляет обмен данными с ним. Обычно на системном диске располагается файл виртульной памяти, и чем быстрее осуществляется чтение и запись данных в него, тем это лучше -- быстрее работает система, поэтому его не рекомендуется располагать на сжатом диске. Чисто теоретически -- сжатый диск -- это ещё одна возможность возникновения системных ошибок. Да и вобще, учитывая то, какие дисковые объёмы сейчас можно приобрести (винты в несколько сотен гигабайт) , не думаю, что существует необходимость сжатия системного диска.
Последствия? Да никаких последствий может не быть. Ну, вобще, насколько мне известно, системные диски обычно не сжимают.