Если в буквальном смысле, какая разница между "выгорит" и "прогорит"?? (с переносным значением мне всё понятно)

Выгорит совсем, до основания, а прогорит только точечно.

"Выгорели" означает законченность действия ("даже остатки выгорели")
"Прогореть" значит "сгореть целиком" ("дом полностью прогорел")

Это синонимы, причем близкие. Во многих случаях взаимозаменяемы. Дело в сочетаемости.

Выгорит - дотла.
Прогорит - до какой-то кондиции.

Дома выгорают дотла (головешки остаются)
Дрова прогорают до золы (больше нечему гореть)
Лампочки просто перегорают (на выброс)

Я думаю, что приставка -вы как правило означает вынос наружу.
То есть, я бы воспринимал выгореть как когда есть, например, сгораемая часть (органика), и несгораемая (минералы). Органика выгорела, остались минералы.
Ср. вынести, вырезать, выжечь, выхолостить - во всём этом есть компонент "убрать, отделить".
А прогореть - полнота действия. Дрова прогорели. Минералами здесь пренебрегают, воспринимается как "дрова были, было чему гореть, сейчас они сгорели полностью, дров нет, гореть нечему".
Ср. продрал (глаза), пробил (полностью, насквозь), проспался и тп.