В чем разница между словами come и comes? И что собственно означает в данном случае эта приставка !?

Ну, точно Фантазёр Незнайка. )) Какая приставка? Приставка - это в начале слова. S - это окончание. Свидетельствует о том, что глагол стоит в личной форме 3 лица единственного (он, она, оно) в форме Present Simple. Present Simple обозначает действие обычное, постоянное, регулярное.
I / we/they/you come home at 6 o'clock. - Я прихожу/ мы приходим/ они приходят / ты приходишь домой в 6 часов. (Обычно, регулярно).
She / he/ comes home at 6 o'clock. - Она/он приходит домой в 6 часов.