Бывают ли случаи когда вы, когда вы не согласны с отношением автора к своим героям?

конечно. например Тихий дон-книга о проститу. ке.

Бывают.
На "эти случаи" и существуют фанфики.

Еще как! Вот не знает Лондон, как ГГ будет вписывать на родине в общество влюбленную туземку - быстренько морит ее голодом. Назначил Толстой Соню "пустоцветом" - мы повторяем, не задумываясь, в честь чего, собственно? "Играет" Достоевский за Алешу - и все молчат, что в жизни подход Ивана не только продуктивнее, но и, часто, благороднее. И так далее...