Если договор заключается с филиалом ООО, кто подписывает договор и чьи реквизиты должны быть указаны в договоре?

Полномочия филиалов и их руководителей должны быть прописаны либо в Уставе головного ООО, либо в отдельном документе, утвержденном участниками ООО - Положение о филиалах.
А полномочия руководителя филиала должны быть прописаны в доверенности на его имя.
В соответствии с этими документами, могут быть разные варианты развития событий.
1. Если полномочия филиала сильно ограничены, то договор подписывает директор ООО.
2. Если полномочия руководителя филиала предполагают возможность заключать договор от имени ООО, то он и подписывает договор. Но звучит это так: ООО "_____", в лице директора _____ филиала ________(ФИО, паспортные данные) , действующего на основании доверенности от ____ №...
3. Если филиал уполномочен заключать договора самостоятельно, то звучать будет уже так: Филиал _____ ООО _____, в соответствии с Положением о филиале, утвержденном протоколом ________, в лице директора филиала ________, действующего на основании доверенности... .
Соответственно указываются и банковские реквизиты.
В первом случае - реквизиты ООО, во втором - могут быть реквизиты и ООО и филиала (если у него счета открыты и он наделен правами распоряжаться денежными средствами) , в третьем случае - реквизиты филиала.