Так и должно быть, если включена синхронизация. Настрой как нужно и всё будет работать как ты хочешь.
Создай папку на сервисе, и отключи её синхронизацию. И в эту папку спокойно скидывай свои файлы - на винт они закачиваться не будут.
А если ещё и матчасть почитать, то узнаешь много чего интересного об этом сервисе.
http://dropboxpro.ru/page/kak-polzovatsya-dropbox/nestandartnie-sposobi-ispolzovaniya-dropbox/