Как защитить глаза от монитора в темной комнате?

Выключить монитор и выбросить компьютер.

А если серьезно, включи хоть какой-то источник света. И желательно периодически смотри в окно. С глаз снимается напряжение, когда смотришь на природу, как на что-то расслабляющее.