Очень интересный вопрос! Латинский алфавит был создан на основе этрусской письменности, и произошло это в конце 7 -- начале 6 века до Р. Х. На тот момент греки использовали алфавит, который сейчас называется архаическим греческим письмом. Греческий алфавит произошел от финикийского письма, и в своем более древнем состоянии был более похожим на него. Греческий алфавит классического периода Древней Греции появился на рубеже 5 и 4 веков до Р. Х. Кириллический алфавит был создан на его основе в 9 от Р. Х.
Поэтому вопрос можно свести к вопросу о том, почему этрусский алфавит отличается от кириллического, хотя оба происходят от греческого письма. Ответ 1. Этруски восприняли греческое письмо (через посредство финикийцев, как утверждает Британника) в более ранней его форме. Например, в архаичном греческом алфавите буква сигма Σς писалась наподобие латинской S, а не как в классическом греческом алфавите.
2. В латинском и кириллическом алфавите появились буквы, которых не было в этрусском и греческом. Например, в архаичном латинском алфавите звук [к] обозначался только буквой К, а в алфавите классического периода букву К почти полностью вытеснила буква C. Что касается кириллического алфавита, то в нем со временем также некоторые буквы греческого алфавита были видоизменены (например, вместо греческого N сейчас пишем Н, хотя в старых источниках, использующих кириллицу, можно заметить наклон у горизонтальной черты). Также, в славянских языках были звуки, которых не было в греческом, поэтому в кириллический алфавит добавили буквы Ж, Ш, Ѥ, Ѣ, Ѫ, Ѧ и др. Кстати, буква Ш возможно была взята из финикийского алфавита. На момент создания кириллического алфавита греки произносили букву B как спирант [w], поэтому в кириллическом алфавите она обозначает похожий звук [в]. А для звука [б] была создана новая буква.
3. Некоторые буквы кириллического алфавита были видоизменены в результате реформ русского алфавита. Например, Л, Щ, Я, Э. Подобным образом, в алфавитах европейских языков появились буквы, которых не было в классическом латинском алфавите. Например, J, U, W. В алфавите немецкого языка появилась буква ß. В средневековых алфавитах некоторых германских языков использовалась буква þ, которая обозначает глухой межзубный звук. Она используется в алфавите современного исландского языка.
