В аниме об этом говорить рано, хотя и там Мисаки и Усуи, хммм, пришли к некоторому взаимопониманию. Но в аниме манга не была экранизирована полностью. Так что после конца аниме сама история не заканчивается и там много еще чего случается.
Но в итоге да, они будут вместе. Через 10 лет после окончания школы они поженились. За подбробностями - читайте мангу.
