На какой высоте обычно летают военно-транспортные самолеты и пассажирские лайнеры? есть ли отличие в эшелонах?

Это только нам, "муравьям", на земле кажется, что НЕБО - бездонное!
На самом деле, летать как захочется, уже давно НЕЛЬЗЯ: всё строго поделено на трассы и эшелоны. За соблюдением правил полета зорко и неусыпно наблюдают диспетчеры Службы контроля движения. И им все равно: кто летит и зачем, чартерный рейс или ВТА.
Каждый самолет - и ВТА в том числе, имеет свою, допустимую для этого типа, высоту полёта, которая, естественно МЕНЬШЕ, нежели у пассажирских лайнеров в силу известных причин.