Письма хранятся только за последние 20 дней. Вся история за годы пропало. Что могло повлиять?

Если писем не обнаружите в папке спам https://e.mail.ru/messages/spam/ ,
тогда они пропали навсегда.
Проверьте не настроены ли у Вас фильтры: https://e.mail.ru/settings/filters

Восстановить пропавшие письма невозможно, увы:
https://help.mail.ru/mail-support/how/restore/

Проверьте компьютер на вирусы и поменяйте пароль:
https://e.mail.ru/cgi-bin/settings/security

Не всегда антивирус на компе способен поймать все вируса.
Попробуйте свой комп просканировать на вирус.
Скачайте эту утилиту Dr.Web CureIt! по ссылке и почистите ею свой комп
(при проверке утилитой не нужно отключать свой антивирус) :
http://www.freedrweb.com/cureit .
Она все сама исправит автоматически.

Смена пароля и усиление настроек безопасности
(включите настройки тут https://e.mail.ru/cgi-bin/settings/security)
позволит избежать этого в будущем.

P.S. Долго ли Вы не посещали свой ящик? Если больше трёх месяцев,
а потом восстановили доступ, тогда, видимо, и обнаружили ящик пустым.
Когда ящик блокируется, вся информация из него пропадает.