В сч. ф. на отгруженную продукцию НДС сверху, а в накладной и счете, НДС также должна быть сверху или можно "в сумме"

НДС сверху представляет собой теоретически правильный способ расчета НДС - от исходной стоимости без НДС, но на практике он неудобен, т. к. обычно надо оперировать суммой к оплате, к которой НДС уже сидит - оттуда НДС рассчитывает методом НДС в сумме.
НДС сверху и НДС в сумме могут отличаться на несколько копеек из-за погрешности округления при разных алгоритмов расчета.
А документах все должно быть одинаково.

Но обычно документы делаются на основании другого - так что если счет посчитан методом НДС в сумме - то введенные на основании накладная и введенная на основе накладной счет-фактура будут совпадать до копейки.
А вот если вы их будете рисовать отдельно - то тут расхождения в копейках могут вылезти.

У нас ТиС - там менеджеры все рисуют методом НДС в сумме.
А я все то же самое завожу в Бухия - там метод НДС сверху - приходится все время копеечки поправлять, чтоб с ними совпало