как разобрать слово "вынуть" по составу?

ВЫНУТЬ – единственное в русском языке слово, в котором НЕТ КОРНЯ. Вернее, корень-то есть, но он от нас спрятался, так как в корне произошло НАЛОЖЕНИЕ МОРФЕМ: буквы корня и первой буквы суффикса. Как это произошло?

Есть глагол ВЫНИМАТЬ, в ОСНОВЕ которого (ВЫНИМА-) всё в наличии: корень -НИМ-, приставка ВЫ-, суффикс -А-.

От этого глагола образован при помощи замены суффикса -А- суффиксом -НУ- глагол ВЫНУТЬ: ВЫНИМ+НУ (ть).

Но так как произносить ВЫНИМНУТЬ крайне неудобно, то корень -. НИМ- превратился в -Н-. Вообще-то в корнях с частью НИМ, происходит чередование ИМ//Я:
♦ ВНИМать – ВНЯть;
♦ ПОНИМать –ПОНЯть;
♦ ОТНИМать – ОТНЯть.

Во всех этих корнях бывшие приставки в результате упрощения основы стали частью корней, а вот в слове ВЫНИМАТЬ приставка ВЫ- сохранилась, поэтому и в слове ВЫНУТЬ она есть.

При образовании глагола ВЫНУТЬ от ВЫНИМАТЬ должно было произойти то же самое чередование ИМ//Я, но что в таком случае получается? ВЫНЯНУТЬ – тоже неудобно произносить, так что буква Я покинула поле боя, а написание ВЫННУТЬ не прижилось: буквы Н (одна от корня, а другая от суффикса) слились в тесном объятии и не желают разъединяться (то есть, как уже сказано, произошло НАЛОЖЕНИЕ МОРФЕМ).

Всё это и дало учёным возможность заявлять об отсутствии корня в слове ВЫНУТЬ, а Морфемно-орфографический словарь даёт такой разбор этого глагола по составу (скриншот странички http://udarenieru.ru/index.php?word=on&morph_word=вынуть названного словаря):