Отличается ли коды рег. органа от кода налогового органа?

Нет не отличается. Как правило, вы подаете документы в тот орган, в котором регистрировались. Четыре цифры. Посмотрите тут
http://www.ufaportal.ru/ifns_dir/

4 цифры, 2 первые - регион, две последние - номер ИФНС в регионе. В Москве регистрируют в 7746, а на учете в ИФНС по месту нахождения исполнительного органа.

Отличаются, особенно в крупных городах. Потому что в них как правило регистрацией занимается специальная инспекция со своим собственным кодом. А вам присваивают ИНН и КПП с четырьмя первыми цифрами кода налогового органа по месту вашей регистрации, куда и будете впоследствии отчитываться. А если вдруг впоследствии вы смените место "дислокации", то у вас останется ваш же ИНН, но КПП будет другим (так же с 4 первыми цифрами кода инспекции вашего нового места регистрации).