может ли должность указанная в трудовой книжке не соответствовать, той позиции на которой работает сотрудник

В 90% случаях это так и есть.

Должность в трудовой книжке должна именоваться точно так же, что та, на которой человек закреплен в штатном расписании. А уж какие обязанности человек на этой должности при этом выполняет, это на усмотрение руководства.