Нужно деактивировать учётную запись, например, через телефон и Вайбер автоматически деактивируется на остальных устройствах.
О том как удалить учётную запись Вайбер читайте здесь:
http://o-viber.ru/kak-udalit-akkaunt-v-viber.htmlПросто удалить переписку - не выйдет, её хранит сервер вайбер, а не телефон.