Нужно ли стирать все с диска D, перед установкой ubuntu?

Ну, смотри. Во время установки бубунты запуститься Gparted и сам тебе предложить выбрать куда ставить систему с возможностью ручного редактирования разделов и форматирования. По идее, тебе лучше удалить все существующие разделы на диске и полностью отдать их Линуху. Ну, там в идеале надо три раздела, короче. Один с точкой монтирования / под саму систему, второй под swap, он должен быть равен примерно удвоенному размеру оперативной памяти. Например есть у тебя 4 гига оперативки, значит 8 гигов swap раздел и третий раздел с точкой монтирования /home под весь твой пользовательский хлам. Это тебе сильно упростит жизнь если в будущем захочешь переустановить Линух ибо твои пользовательские файлы не будут затронуты если не будешь указывать каждый раз что раздел /home нужно форматировать.

От твоих виндовских программ на Линухе толку всё равно никакого не будет. Только зря место будут занимать. Даже после переустановки виндовса они не будут работать и по фиг что их файлы уцелели на другом разделе, а Линух вообще не будет запускать виндовской софт без вайна и прочих костылей, которые лишь самую малую часть софта для винды смогут установить и запустить. Да, Линух умеет читать разделы с файловой системой NTFS (т. е. виндовские разделы) благодаря драйверу "NTFS-3G", но они там на хрен не нужны эти разделы. Это задумано, чтобы читать схемные диски флешки с виндовскими файловыми системами (там Fat32 или улучшенный ExFat файловые системы и их драва зашиты вообще в само ядро Linux). То есть почти все флешки точно будут читаться на Linux-e. Тем более ты всё равно всё нужное уже сохранил на флешке и смысла никакого нет оставлять NTFS раздел на диске.