Только что решил данную проблему создав новую папку и сказав торренту сохранять файлы в неё. Делается это так:
Открываете настройки тыкнув на шестерёнку рядом с пирами
1) Переходите на вкладку "папки"
2) Ставите галочки на первых двух пунктах
3) Нажав на три точки справа, создаете где-нибудь новую папку, выбираете только что созданную папку (можете выбрать одну и ту же папку для двух пунктов. Я так и сделал)
4) Тыкаете "Применить"
5) Готово :)