Можно ли в "1С: Бухгалтерии предприятия-8" вести учет организаций, использующих упрощенную систему налогообложения?

Конечно можно!

1С Бухгалтерия - это универсальная программа, которая позволяет вести учет, как юридически лиц, так и индивидуальных предпринимателей, использующих любые системы налогообложения (ОСН, УСН или ЕНВД), осуществляющих любые виды коммерческой деятельности: оптовую и розничную торговлю, комиссионную торговлю (в том числе субкомиссию), оказание услуг, производство и т. д.
Подробнее [ссылка заблокирована по решению администрации проекта]

Группа компаний "Онлайн", г. Уфа
Автоматизация предприятий на базе программ 1С с 1995 г.
[ссылка заблокирована по решению администрации проекта]
http://vk.com/online_ufa