скачал обновления для Vista не через Windows Update, а с оф. сайта, в какую папку устанавливать-C:\WINDOWS\system32?

В ту, которая по дефолту стоит о. О Ты наверное что то не то скачал, т. к. при установки обновлений винда не должна спрашивать куда устанавливать.