Антивирус удаляет только вирус или файл целиком?

он или очищает или удаляет если не может очистить

Весь файл можеш поместьть в карантин

Если может, то он его вылечит, тоесть удалит вирус, но в большинстве случаев просто удаляет предварительно переместив в карантин

Смотря какой у вас антивирус Если Касперский-он сначало пробует вылечить-тоесть выдрать с файла вирус, если не получается то удаляет весь файл NOD действует аналогично Аваст - может натворить дел-выкинуть что надо и ненадо

Это уже вам решаеть. :)
Большинство нынешних вирусов уже не цепляются к каким-либо файлам, поэтому можно смело удалять всё что находите.

Пользователя тоже удаляет