Если сумма небольшая, то можете доплатить при оплате за год. Будет пеня на сумму недоплаты с даты просрочки авансового платежа (в вашем случае недоплаты) по дату погашения задолженности. Если же сумма большая, то лучше доплатить как можно быстрее, что бы не было большой пени. Прикинуть пени можете здесь
http://www.klerk.ru/tools/penalty/