Из Москвы в Калининград на поезде-нужен ли УТД при наличии Немецкой шенгенской визы

Нет.

Документы, необходимые для проезда граждан России в Калининградскую область транзитом через территорию Литвы

Проездной документ (билет).
Документ, удостоверяющий личность пассажира, реквизиты которого указаны в проездном документе (билете). К ним относятся:
дипломатический паспорт;
служебный паспорт;
заграничный паспорт Российской Федерации;
свидетельство на возвращение (для однократного возвращения в Российскую Федерацию).
Документ, дающий право на транзитный проезд через территорию Литвы. К ним относятся:
виза Литовской Республики;
вид на жительство Литовской Республики;
карточка аккредитации категории "А" либо "В" Литовской Республики;
упрощенный транзитный документ (УТД);
упрощенный проездной документ на железной дороге (УПД-ЖД*).

Если есть шенгенская виза, то никакого УТД не надо, конечно. Латвия (но ее проезжают из Питера, из Москвы - нет, по-моему, а Литва - в любом случае), Литва - шенгенская зона, и там действуют шенгенские визы всех государств шенгенского соглашения. Единственное, позаботьтесь о том, чтобы потом, через какое-то время, въехать в Германию, чтобы не было проблем с получением следующей визы, если это важно