В договоре указано: "Датой оплаты считается дата поступления денежных средств на расчётный счёт Продавца. "

Если по договору дата оплаты - дата поступления денег на р/c продавца, то такое условие на руку как раз продавцу.
Если покупатель не желает заключать договор, не оговорив в нем, что дата оплаты - дата списания денежных средств с р/c покупателя и у продавца нет возможности договорится с покупателем об ином, то вариант такой:
в договоре предусмотреть, что в случае несвоевременного списания банком покупателя денег с р/c покупателя или неисполнения такой обязанности, покупатель обязан обратится к своему банку с претензией о выполнении такой обязанности и принимать все возможные меры для проведения банком платежа. Если покупатель не выполнит сие, то он обязуется восполнить продавцу убытки в размере неисполненного банком платежа.

Условие вполне корректно и однозначно. Дата поставки может не совпадать с датой оплаты - это законно (ст. ст. 314, 486, 489, 508, 509, 516, 823 ГК РФ). С учетом ст. ст. 309, 310 ГК РФ покупатель обязан исполнить обязательство по оплате надлежащим образом, т. е. деньги продавцу (поставщику) должны поступить на расчетный счет, и продавца (поставщика) не должно волновать списание или несвоевременное списание денежных средств с расчетного счета покупателя и т. д, поэтому "обходные условия" , которые пытается придумать покупатель, поставщику ни к чему.